แมกนีเซียมเปอร์คลอเรตถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในฐานะสารดูดความชื้นที่มีประสิทธิภาพสูง โดยเฉพาะในห้องปฏิบัติการ มีประสิทธิภาพสูงในการดูดซับความชื้นจากก๊าซและของเหลว ทำให้จำเป็นสำหรับการทดลองและกระบวนการที่ต้องการสภาวะไร้น้ำ ในเคมีวิเคราะห์ ถูกใช้เพื่อกำจัดร่องรอยน้ำจากอากาศหรือก๊าซอื่นๆ ก่อนการวิเคราะห์ เพื่อให้ผลลัพธ์ที่ถูกต้อง นอกจากนี้ ยังใช้ในเครื่องลดความชื้นเพื่อรักษาสภาพแวดล้อมที่แห้งสำหรับเก็บวัสดุที่ไวต่อความชื้น คุณสมบัติสารดูดความชื้นที่แข็งแกร่งยังทำให้มีคุณค่าต่อการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม เช่น ในการผลิตอากาศแห้งสำหรับระบบลมยาง หรือในการถนอมผลิตภัณฑ์ที่เสื่อมสภาพในที่ที่มีความชื้น