Endoxifen hydrochloride ใช้ในการรักษามะเร็งเต้านมที่มีการตอบสนองต่อฮอร์โมน โดยเฉพาะในกรณีที่มะเร็งเต้านมเป็นชนิดที่ไวต่อเอสโตรเจน ยานี้ช่วยยับยั้งการทำงานของเอสโตรเจน ซึ่งเป็นฮอร์โมนที่กระตุ้นการเติบโตของเซลล์มะเร็ง Endoxifen hydrochloride มักใช้เป็นทางเลือกในการรักษาเมื่อผู้ป่วยไม่ตอบสนองต่อการรักษาด้วย tamoxifen หรือมีข้อจำกัดในการใช้ tamoxifen นอกจากนี้ยังมีการศึกษาว่ายานี้อาจมีประสิทธิภาพในการป้องกันการกลับเป็นซ้ำของมะเร็งเต้านมหลังการรักษาเบื้องต้น การใช้ยานี้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เพื่อประเมินผลข้างเคียงและประสิทธิภาพในการรักษาอย่างใกล้ชิด