เนฟอกซิไดน์ไฮโดรคลอไรด์ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษาผลกระทบต่อตัวรับเอสโตรเจน โดยทำหน้าที่เป็นตัวปรับตัวรับเอสโตรเจนแบบเลือกสรร (SERM) ทำให้มีคุณค่าต่อการตรวจสอบภาวะที่ขึ้นกับฮอร์โมน เช่น มะเร็งเต้านม ความสามารถในการยับยั้งกิจกรรมของเอสโตรเจนช่วยให้นักวิจัยเข้าใจกลไกการเจริญเติบโตของเนื้องอกและพัฒนาการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจในงานศึกษาที่เกี่ยวข้องกับสุขภาพการสืบพันธุ์และการควบคุมระบบต่อมไร้ท่อ แม้จะไม่มีการใช้อย่างแพร่หลายในทางคลินิก แต่บทบาทในเภสัชจลนศาสตร์ทดลองยังคงสำคัญต่อการพัฒนาความรู้ในโรคที่เกี่ยวข้องกับฮอร์โมน