6-Fluorotryptamine hydrochloride ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยเป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารอนุพันธ์ของ tryptamine การประยุกต์ใช้นี้มุ่งเน้นไปที่การศึกษากิจกรรมของตัวรับเซโรโทนิน เนื่องจากสามารถดัดแปลงเพื่อสร้างอนุพันธ์ที่โต้ตอบกับตัวรับเหล่านี้ ทำให้มีคุณค่าในด้านประสาทวิทยาและเภสัชวิทยาในการตรวจสอบผลกระทบของเซโรโทนินต่อสมองและพฤติกรรม นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนายา therapeutic ที่มีศักยภาพสำหรับโรคทางระบบประสาทและจิตเวช เช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และโรคจิตเภท โครงสร้างที่ fluorinated ยังช่วยในการสำรวจในเคมียารักษาเพื่อเพิ่มความเสถียรและ bioavailability ของสารประกอบที่เกี่ยวข้อง