SB 200646 HCl ใช้ในการศึกษาวิจัยทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับระบบประสาทและพฤติกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการศึกษาผลกระทบของเซโรโทนิน (serotonin) ต่อร่างกายและสมอง เนื่องจากสารนี้เป็นสารยับยั้งตัวรับเซโรโทนินชนิด 5-HT2B และ 5-HT2C ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการควบคุมอารมณ์ ความวิตกกังวล และพฤติกรรมการกิน การใช้ SB 200646 HCl ช่วยให้นักวิจัยสามารถเข้าใจกลไกการทำงานของเซโรโทนินและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อรักษาโรคทางจิตเวช เช่น โรคซึมเศร้า โรควิตกกังวล และโรคที่เกี่ยวข้องกับพฤติกรรมการกิน นอกจากนี้ ยังอาจนำไปใช้ในการศึกษาผลกระทบของเซโรโทนินต่อระบบหัวใจและหลอดเลือด เนื่องจากตัวรับ 5-HT2B มีส่วนเกี่ยวข้องกับการทำงานของหัวใจด้วย