บูโฟเทนิดีนใช้หลักในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ โดยเฉพาะการศึกษาเภสัชวิทยาและเคมีประสาท มีฤทธิ์เป็นสารกระตุ้นที่แรงต่อตัวรับเซโรโทนิน โดยเฉพาะชนิดย่อย 5-HT3 ทำให้มีคุณค่าสำหรับการตรวจสอบการทำงานของช่องไอออนและเส้นทางสัญญาณประสาท เนื่องจากโครงสร้างคล้ายเซโรโทนินและบูโฟเทนิน จึงใช้ศึกษาผลกระทบของอนุพันธ์ทริปตามีนต่อระบบประสาทส่วนกลาง ความสามารถในการอิทธิพลการปล่อยสารสื่อประสาทและความตื่นตัวของเซลล์ประสาทช่วยให้ผู้วิจัยสำรวจกลไกที่เกี่ยวข้องกับอาการคลื่นไส้ อาเจียน และผลกระทบทางจิตเภสัชวิทยาที่เป็นไปได้ เนื่องจากมีประสิทธิภาพสูงและเลือกสรรได้ดี บูโฟเทนิดีนยังใช้เป็นสารอ้างอิงในขั้นตอนการจับตัวรับและการทดลองไฟฟ้าขั้วประสาท การประยุกต์ใช้จำกัดเฉพาะในห้องปฏิบัติการเนื่องจากความเป็นพิษและขาดการอนุมัติสำหรับการบำบัด ยังใช้ศึกษาผลกระทบต่อระบบหัวใจและหลอดเลือด เช่น การเปลี่ยนแปลงความดันโลหิตและอัตราการเต้นของหัวใจ เนื่องจากมีพิษสูงและผลข้างเคียงรุนแรง จึงไม่มีการใช้ในทางการแพทย์โดยทั่วไป