1,3-Bis(trimethylsilyloxy)propane ใช้หลักเป็นกลุ่มป้องกันในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับไดออล (diols) ซึ่งช่วยป้องกันกลุ่มไฮดรอกซิล (hydroxyl groups) อย่างมีประสิทธิภาพระหว่างปฏิกิริยา เพื่อให้เกิดการแปลงโครงสร้างแบบเลือกเฉพาะที่ส่วนอื่นของโมเลกุล นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์ที่มีส่วนประกอบของซิลิคอน และเป็นสารที่ใช้ในกระบวนการซิลิเลชัน (silylation) ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรและความเหินไหลของสารประกอบสำหรับการวิเคราะห์ เช่น โครมาโทกราฟีแบบก๊าซ (gas chromatography) ยิ่งไปกว่านั้น ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงเภสัชภัณฑ์ ซึ่งต้องการการควบคุมปฏิกิริยาอย่างแม่นยำ