Tris(trimethylsilyl) borate ใช้หลักๆ เป็นสารเคมีช่วยในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการป้องกันกลุ่มไฮดรอกซิล ความสามารถในการสร้างเอเทอร์ซิลีลที่เสถียรทำให้มีคุณค่าต่อการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนซึ่งต้องการการป้องกันและถอนการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันอย่างเลือกสรร นอกจากนี้ยังใช้ในการดัดแปลงพื้นผิว โดยเฉพาะในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งสามารถเพิ่มคุณสมบัติกันน้ำของวัสดุ นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโบรอน ซึ่งมีประโยชน์ในกระบวนการเคมีต่างๆ และเป็นสารกลางในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร