ไอโอโดไตรเมทิลซิลานถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะรีเอเจนต์สำหรับการนำกลุ่มไตรเมทิลซิลิลเข้าไปในโมเลกุล โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพในการป้องกันแอลกอฮอล์และฟีนอลโดยการแปลงเป็นเอเทอร์ไตรเมทิลซิลิลที่สอดคล้องกัน ซึ่งคงตัวภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ การป้องกันนี้ช่วยให้สามารถดำเนินปฏิกิริยาแบบเลือกสรรบนกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ ในโมเลกุลได้ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการตัดเอเทอร์ โดยเฉพาะเอเทอร์เมทิล เพื่อให้ได้แอลกอฮอล์ที่สอดคล้องกัน ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นสารเดซิลิลเลติงยังทำให้มีคุณค่าการในการถอดการป้องกันสารประกอบที่ป้องกันด้วยซิลิล ส่งเสริมการฟื้นฟูกลุ่มฟังก์ชันดั้งเดิม ในการสังเคราะห์เปปไทด์ ถูกใช้ในการกำจัดกลุ่มป้องกันจากกรดอะมิโน ทำให้สามารถสร้างโซ่เปปไทด์ที่ซับซ้อนได้ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนายา พีชเคมี และเคมีภัณฑ์ละเอียด