ใช้หลักในฐานะตัวเรย์เจนต์สำหรับกลุ่มป้องกัน (protecting group) ในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการจัดการโมเลกุลที่มีหลายหน้าที่ เช่น ผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติและยา กลุ่มเทอร์ต-บิวทิลไดเมทิลซิลิล (TBS) ช่วยคงความเสถียรของแอลกอฮอล์โดยป้องกันหมู่ไฮดรอกซิลจากปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการภายใต้สภาวะการทำปฏิกิริยาต่างๆ หมู่ไอโอโดเอทอกซีช่วยให้สามารถยืดโซ่หรือเกิดการสร้างวงแหวนผ่านการแทนที่นิวคลีโอไฟล์ ทำให้ตัวเรย์เจนต์นี้มีคุณค่าต่อการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน มีประโยชน์อย่างยิ่งในสังเคราะห์หลายขั้นตอนที่ต้องการการกำจัดกลุ่มป้องกันและการทำให้เกิดหน้าที่อย่างเลือกสรร โดยทั่วไปใช้ในการสังเคราะห์มาโครไลด์ น้ำตาล และนิวคลีโอไซด์ เนื่องจากความเสถียรภายใต้สภาวะเบสและกรดอ่อนๆ และความเข้ากันได้กับกลุ่มหน้าที่หลากหลาย