Zoniporide hydrochloride hydrate ใช้หลักในการวิจัยทางการแพทย์และพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่แรงและเลือกเฉพาะ isoform 1 ของ sodium-hydrogen exchanger (NHE-1) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการควบคุม pH ภายในเซลล์และระดับโซเดียม สารประกอบนี้ถูกศึกษาเป็นอย่างมากสำหรับการประยุกต์ใช้ทางบำบัดในภาวะบาดเจ็บจากการขาดเลือด-การคืนเลือด เช่น หัวใจขาดเลือดและเส้นเลือดในสมองอุดตัน โดยการยับยั้ง NHE-1 ช่วยลดความเสียหายของเซลล์ที่เกิดจากการนำเลือดกลับคืนสู่เนื้อเยื่อหลังจากขาดออกซิเจน นอกจากนี้ ยังถูกตรวจสอบสำหรับประโยชน์ในการปกป้องหัวใจระหว่างการผ่าตัดหัวใจและปรับปรุงผลลัพธ์ในผู้ป่วยหัวใจล้มเหลว บทบาทในการลดการอักเสบและ apoptosis ยังขยายการประยุกต์ใช้ในโรคอื่นๆ อีกมากมาย แต่ยังอยู่ในขั้นตอนการทดลองและวิจัยทางคลินิก