นิโกรซินแอลกอฮอล์ละลายได้ใช้เป็นสีย้อมทางชีวภาพในกล้องจุลทรรศน์เพื่อเพิ่มความเปรียบต่างในตัวอย่าง โดยเฉพาะสำหรับย้อมแบคทีเรียและจุลินทรีย์อื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในฮิสโตโลจีเพื่อแยกแยะเนื้อเยื่อและโครงสร้างเซลล์ ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ใช้เป็นสีย้อมสำหรับย้อมผ้า หนัง และกระดาษ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการเตรียมหมึกและสารเคลือบ เนื่องจากละลายได้ในแอลกอฮอล์และให้สีดำเข้ม ลักษณะการย้อมสีทำให้มีคุณค่าในห้องปฏิบัติการวิจัยและวินิจฉัยสำหรับการแสดงภาพส่วนประกอบของเซลล์ มักใช้ในการย้อมสีพื้นหลัง (negative staining) เพื่อให้เซลล์หรือแบคทีเรียปรากฏเป็นสีอ่อนบนพื้นหลังสีเข้ม ช่วยให้เห็นโครงสร้างและรูปร่างได้ชัดเจนยิ่งขึ้น