ใช้สารละลายนี้ในห้องปฏิบัติการทางชีววิทยาและจุลชีววิทยาเป็นหลัก โดยเฉพาะในการย้อมสีตัวอย่างชีวภาพ เช่น เนื้อเยื่อหรือเซลล์แบคทีเรีย เพื่อให้เห็นโครงสร้างภายใต้กล้องจุลทรรศน์ได้ชัดเจนยิ่งขึ้น คริสตัลไวโอเลตทำหน้าที่เป็นสีย้อมหลักในการย้อมแบบแกรม (Gram staining) ซึ่งช่วยแยกแยะแบคทีเรียออกเป็นสองกลุ่มใหญ่ คือ แบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบ สารละลายแอมโมเนียมออกซาเลตทำหน้าที่เป็นตัวควบคุมการตกตะกอนของสี ช่วยให้ผลการย้อมมีความสม่ำเสมอและแม่นยำมากขึ้น จึงนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวินิจฉัยและการศึกษาวิจัย