อัลเจสโตนอะซีโตเฟนไนด์ใช้หลักในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในฮอร์โมนบำบัด เป็นโปรเจสตินสังเคราะห์ ซึ่งเลียนแบบผลของฮอร์โมนโปรเจสเตอโรนตามธรรมชาติ หนึ่งในแอปพลิเคชันหลักคือในสูตรของยาฉีดคุมกำเนิดแบบออกฤทธิ์ยาวนาน เมื่อรวมกับเอสตราไดออล ช่วยในการควบคุมรอบประจำเดือนและป้องกันการตั้งครรภ์โดยยับยั้งการตกไข่ เปลี่ยนแปลงเยื่อบุโพรงมดลูก และทำให้เมือกปากมดลูกหนาขึ้นเพื่อบล็อกทางเข้าของอสุจิ นอกจากนี้ ยังใช้ในการรักษาความผิดปกติทางสูตินรีเวชศาสตร์ต่าง ๆ เช่น เยื่อบุโพรงมดลูกเจริญผิดที่ (เอ็นโดเมทริโอซิส) และเลือดออกผิดปกติจากโพรงมดลูก โดยให้สมดุลฮอร์โมนและลดอาการที่เกี่ยวข้องกับภาวะเหล่านี้ ลักษณะการออกฤทธิ์ยาวนานทำให้เป็นตัวเลือกที่สะดวกสำหรับผู้ป่วยที่ต้องการฮอร์โมนบำบัดต่อเนื่อง