3-(เบนซิลอกซี)อะเซทิดีนไฮโดรคลอไรด์ ใช้ในการวิจัยเภสัชกรรมเป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาท เช่น ความวิตกกังวลและภาวะซึมเศร้า เนื่องจากโครงสร้างวงแหวนอะเซทิดีน นอกจากนี้ ยังใช้ในการสร้างตัวยับยั้งโมเลกุลขนาดเล็กสำหรับเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับโรคอักเสบและโรคภูมิต้านตนเอง กลุ่มเบนซิลอกซีช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียร ทำให้เหมาะสมสำหรับใช้ในเคมียารักษาและกระบวนการค้นพบยา