ใช้ในสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสร้างสารตั้งต้นสำหรับยารักษาโรคต่างๆ เช่น ยารักษาโรคมะเร็ง ยาต้านไวรัส และยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากโครงสร้างไซคลิกของอะซิทิดีนช่วยเพิ่มเสถียรภาพและประสิทธิภาพของโมเลกุลยา นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนในขั้นตอนการสังเคราะห์แบบหลายขั้นตอน เพื่อควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งและเพิ่มผลผลิตของสารที่ต้องการ