กลีเซอรอล 3-ฟอสเฟตมีบทบาทสำคัญในเมแทบอลิซึมของเซลล์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางในกระบวนการไกลโคไลซิสและการสังเคราะห์ลิพิด ในไกลโคไลซิส มันถูกผลิตจากไดไฮดรอกซีอะซีโตนฟอสเฟต ช่วยในการสร้าง ATP และ NADH ซึ่งจำเป็นสำหรับการผลิตพลังงาน ในเมแทบอลิซึมของลิพิด มันทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลักสำหรับการสังเคราะห์ไตรกลีเซอไรด์และฟอสโฟลิพิด ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของเยื่อหุ้มเซลล์และโมเลกุลเก็บพลังงาน นอกจากนี้ยังมีส่วนในระบบขนส่งกลีเซอรอลฟอสเฟต ช่วยถ่ายโอนอิเล็กตรอนรีดิวซิงเข้าสู่ไมโตคอนเดรียสำหรับออกซิเดทีฟฟอสฟอรีเลชัน บทบาทในเส้นทางเหล่านี้ทำให้มันจำเป็นต่อการรักษาสมดุลพลังงานและการทำงานของเซลล์ในสิ่งมีชีวิต