ไซโคลเฮกซิลมีเทนซัลโฟเนตใช้หลักlyเป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยา โครงสร้างซัลโฟเนตของมันทำให้เป็นกลุ่มออกที่ดีเยี่ยมในปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอไฟล์ ส่งเสริมการก่อตัวของพันธะคาร์บอน-คาร์บอนและคาร์บอน-เฮเทโรอะตอม มักใช้ในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการปฏิกิริยาที่ควบคุมได้และการทำให้บริสุทธิ์ที่ง่าย นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรและพอลิเมอร์พิเศษที่ต้องการโปรไฟล์การละลายและปฏิกิริยาเฉพาะ