ใช้หลักๆ เป็นสารตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยใช้ในการเตรียมสารลดแรงตึงผิวและเอเทอร์พิเศษ หมู่ฟังก์ชันของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนแบบเลือกได้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตโพลิเมอร์ที่ละลายน้ำได้และเป็นสารอนุพันธ์ในเคมีวิเคราะห์ เนื่องจากคุณสมบัติในการอัลคิลเลต มันช่วยในการนำหมู่ข้างไฮโดรฟิลิกเข้าสู่โมเลกุลซับซ้อน เพิ่มความสามารถในการละลายและ bioavailability ในการพัฒนายา นิยมใช้ในปฏิกิริยาการแทนที่ของนิวคลีโอไฟล์ เนื่องจากหมู่เมทานซัลโฟเนตทำหน้าที่เป็นหมู่หลุดออกที่ดียกให้ผลผลิตสูง โดยเฉพาะในการเติมหมู่ฟังก์ชันที่มีออกซิเจนเพื่อปรับปรุงความสามารถในการละลายน้ำของสารตั้งต้น และเหมาะสำหรับการสร้างสารตัวกลางในอุตสาหกรรมยาและสารชีวโมเลกุล