ไอโซบิวทิล เมทาเนซัลโฟเนต ใช้หลักๆ เป็นสารเอเจนต์อัลคิลเลติ้งในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการนำกลุ่มไอโซบิวทิลเข้าไปในโมเลกุลต่างๆ คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการขั้นตอนอัลคิลเลชันเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ช่วยในการสร้างสารประกอบที่ปกป้องพืชจากศัตรูพืชและโรคพืช ไอโซบิวทิล เมทาเนซัลโฟเนต ยังพบการประยุกต์ใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการปรับเปลี่ยนสารประกอบอินทรีย์เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและปฏิกิริยา ประสิทธิภาพในฐานะสารเอเจนต์อัลคิลเลติ้งทำให้มีความสำคัญทั้งในภาคอุตสาหกรรมและวิชาการ