เบนซีนซัลโฟนิกแอนไฮไดรด์ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่าง ๆ โดยเฉพาะในกระบวนการซัลโฟเนชัน ซึ่งเป็นการเติมกลุ่มซัลโฟนิก (-SO3H) เข้าไปในโมเลกุลของสารอินทรีย์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาเคมีบางชนิด และมีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมผลิตสารเคมี เช่น การผลิตสีย้อม ผงซักฟอก และสารช่วยในการแปรรูปพลาสติก อีกทั้งยังสามารถนำไปใช้ในกระบวนการผลิตยาและสารกำจัดศัตรูพืชได้อีกด้วย