ใช้เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์มีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับสารประกอบที่มีหมู่อะมิโนหรือไฮดรอกซิลได้ง่าย จึงเหมาะสำหรับการสร้างพันธะใหม่ในโมเลกุล เช่น การสังเคราะห์ซัลโฟนามายด์หรือซัลโฟเนตเอสเทอร์ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในโครงสร้างของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ โครงสร้างที่มีฮาโลเจนหลายชนิดยังช่วยปรับสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และเสถียรภาพของโมเลกุล ทำให้สารนี้มีความสำคัญในขั้นตอนการวิจัยและพัฒนาสารใหม่