ไอโซมอลโทเพนทาโอสถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารในฐานะโอลิโกซักคาไรด์ฟังก์ชันนัล โดยทำหน้าที่เป็นพรีไบโอติกที่ช่วยส่งเสริมการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในลำไส้ที่มีประโยชน์ ซึ่งช่วยเสริมสร้างสุขภาพการย่อยอาหารและความเป็นอยู่โดยรวม ดัชนีไกลเซมิกต่ำทำให้เหมาะสำหรับผลิตภัณฑ์ที่เป็นมิตรกับผู้ป่วยเบาหวาน โดยให้รสหวานโดยไม่ทำให้ระดับน้ำตาลในเลือดพุ่งสูงอย่างมีนัยสำคัญ นอกจากนี้ ยังถูกนำเข้าไปในอาหารและเครื่องดื่มฟังก์ชันนัลเพื่อปรับปรุงเนื้อสัมผัส ความเสถียร และอายุการเก็บรักษา ในภาคเภสัชกรรม ถูกใช้เป็นสารเสริมในสูตรยาเพื่อเพิ่มการดูดซึมและความเสถียร คุณสมบัติที่ไม่ก่อให้เกิดฟันผุทำให้เป็นส่วนผสมที่มีคุณค่าในผลิตภัณฑ์ดูแลช่องปาก เช่น หมากฝรั่งและยาสีฟันปราศจากน้ำตาล เพื่อสนับสนุนสุขภาพทันตกรรม