β-Amanitin ใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกการทำงานของ RNA polymerase II ในเซลล์ เนื่องจากสารนี้มีคุณสมบัติในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ดังกล่าวอย่างเฉพาะเจาะจง ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการเข้าใจกระบวนการถอดรหัสพันธุกรรม นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษากระบวนการตายของเซลล์ (apoptosis) และการพัฒนายาเพื่อรักษาโรคมะเร็ง เนื่องจากสามารถเหนี่ยวนำให้เซลล์มะเร็งตายได้ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากความเป็นพิษสูง การใช้งานจึงต้องอยู่ในสภาพแวดล้อมที่ควบคุมอย่างเคร่งครัดและใช้เฉพาะในห้องปฏิบัติการเท่านั้น