Avapritinib ใช้ในการรักษามะเร็งระบบทางเดินอาหารชนิด GIST (Gastrointestinal Stromal Tumor) ที่มีกลายพันธุ์ของยีน KIT หรือ PDGFRA โดยเฉพาะอย่างยิ่งในผู้ป่วยที่ดื้อต่อการรักษาด้วยยาในกลุ่ม tyrosine kinase inhibitors อื่น ๆ ยานี้ทำงานโดยการยับยั้งการทำงานของโปรตีนที่ผิดปกติซึ่งเกิดจากกลายพันธุ์ ช่วยชะลอการเติบโตของเซลล์มะเร็งและลดขนาดก้อนเนื้องอก นอกจากนี้ยังมีการศึกษาถึงประสิทธิภาพในการรักษาโรคมะเร็งอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการกลายพันธุ์ของยีนดังกล่าว