เมทิลเตตราซีน-แอซิดถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในเคมีชีวภาพแบบออร์โธโกนัล (bioorthogonal chemistry) เนื่องจากมีปฏิกิริยาเร็วและเลือกสรรเฉพาะกับ trans-cyclooctenes (TCOs) ในปฏิกิริยาเคมีคลิก (click chemistry) คุณสมบัตินี้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการติดฉลากและการถ่ายภาพโมเลกุลชีวภาพในเซลล์และเนื้อเยื่อที่มีชีวิต โดยไม่รบกวนกระบวนการชีวภาพตามธรรมชาติ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาระบบการส่งยาแบบกำหนดเป้าหมาย ซึ่งช่วยให้สามารถติดยาแก้โรคกับโมเลกุลชีวภาพเฉพาะเจาะจงได้อย่างแม่นยำ สุดท้าย การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่ด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยใช้ในการฟังก์ชันนัไลซ์พื้นผิวและการสร้างวัสดุโพลิเมอร์ขั้นสูง