ไอโซอินดิโกตินถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอเป็นหลัก โดยใช้เป็นสีย้อมผ้าธรรมชาติที่มีคุณสมบัติทนทานต่อแสงและน้ำได้ดี มักใช้ในการย้อมผ้าฝ้าย ผ้าไหม และผ้าขนสัตว์ เพื่อให้ได้สีน้ำเงินหรือสีครามที่มีความสวยงามและเป็นเอกลักษณ์ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานศิลปะและหัตถกรรม เพื่อสร้างสรรค์ผลงานที่มีสีสันคงทนและปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม