1,2,4-Thiadiazol-5-amine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในหลายด้านของอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการต่อต้านเชื้อโรคได้ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในกระบวนการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและสารเคมีเกษตรอื่น ๆ ที่ช่วยควบคุมการเจริญเติบโตของพืชและป้องกันโรคพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในด้านการวิจัย ยังเป็นสารสำคัญในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและพัฒนายาใหม่ ๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่าง ๆ