2-Amino-5-chlorothiazole hydrochloride ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร มันมีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบเบสธัยอะซอล ซึ่งจำเป็นในการพัฒนายารักษาการติดเชื้อแบคทีเรียและภาวะทางการแพทย์บางอย่าง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา ซึ่งช่วยในการปกป้องพืชผลและเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร โครงสร้างและปฏิกิริยาของมันทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน