เอทิล ไทโอไซยาเนตใช้เป็นสารเคมีในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมผลิตยาฆ่าแมลงและสารกำจัดศัตรูพืช นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีอื่น ๆ เช่น ยารักษาโรคและสารประกอบทางเภสัชกรรม ในทางอุตสาหกรรมยังสามารถใช้เป็นสารปรับปรุงคุณภาพน้ำมันและผลิตภัณฑ์ปิโตรเลียม รวมถึงใช้ในกระบวนการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกต่าง ๆ