2-Chlorobenzyl Thiocyanate ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ต่างๆ กลุ่มไทโอไซยาเนตทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เป็นไปได้ เช่น สารกำจัดเชื้อราและสารกำจัดแมลง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนาสารเคมีใหม่ที่มีคุณสมบัติเป้าหมายเฉพาะ ส่วนของ chlorobenzyl ช่วยเพิ่มปฏิกิริยาของมัน ทำให้มีประโยชน์ในการทำปฏิกิริยาครอสคัปเปลิงและการแปลงอื่นๆ ในเคมียารักษาโรค