ไซยาโนเมทิลเอทานธิโอเอตถูกนำมาใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาเพื่อนำกลุ่มฟังก์ชันธิโอเอสเตอร์และไนไตรล์เข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้มีคุณค่าต่อการเตรียมสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชภัณฑ์ที่ซึ่งธิโอเอสเตอร์และไนไตรล์เป็นตัวกลางสำคัญ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ถูกนำมาใช้ในการสร้างโพลิเมอร์และสารเคลือบพิเศษ โดยใช้คุณสมบัติการตอบสนองเพื่อปรับเปลี่ยนคุณสมบัติพื้นผิว การนำไปใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เคมีมักได้รับความนิยมเนื่องจากสามารถอำนวยความสะดวกในการแปลงสารแบบเลือกเฉพาะภายใต้สภาวะอ่อนโยน