ใช้ N-Ethylmaleimide ในการวิจัยทางชีววิทยาและชีวเคมีเป็นหลัก โดยทำหน้าที่ยับยั้งการทำงานของโปรตีนที่มีหมู่ไซล์-ไฮดริล (thiol groups) โดยเฉพาะในเอนไซม์ที่มีไซสทีอีน (cysteine) อยู่ในตำแหน่งที่สำคัญ ซึ่งช่วยให้นักวิจัยศึกษาบทบาทของโปรตีนและเอนไซม์เหล่านั้นได้อย่างแม่นยำ นิยมใช้ในงานศึกษาเกี่ยวกับการขนส่งสารผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ การทำงานของช่องไอออน และกระบวนการส่งสัญญาณภายในเซลล์ เพราะสามารถยับยั้งโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการเหล่านี้ได้อย่างเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านโปรตีโอมิกส์ เพื่อป้องกันการเกิดพันธะดิสัลไฟด์ (disulfide bond) ระหว่างโปรตีนในระหว่างการเตรียมตัวอย่าง ทำให้การวิเคราะห์โครงสร้างโปรตีนทำได้ง่ายและแม่นยำมากขึ้น