1,6-เฮกเซนไดไทออลถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขานาโนเทคโนโลยีและวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยทำหน้าที่เป็นโมเลกุลเชื่อมโยงสำหรับการปรับแต่งพื้นผิว โดยเฉพาะในการสร้างชั้นโมเลกุลประกอบตัวเอง (self-assembled monolayers: SAMs) บนพื้นผิวทองคำและโลหะอื่นๆ การประยุกต์ใช้นี้มีความสำคัญในการพัฒนาเซนเซอร์ชีวภาพ ซึ่งช่วยในการยึดติดโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีนหรือ DNA ลงบนพื้นผิวเซนเซอร์ เพื่อเพิ่มความไวและความจำเพาะ

ในการสังเคราะห์อินทรีย์ 1,6-เฮกเซนไดไทออลถูกใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อนมากขึ้น กลุ่มไทออลคู่ของมันทำให้เป็นสารเคมีที่มีคุณค่าต่อการสร้างพันธะไดซัลไฟด์ ซึ่งจำเป็นต่อการสังเคราะห์พอลิเมอร์ เดนดริเมอร์ และโครงสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่โครงสร้างอื่นๆ

นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตกาวและสารเคลือบผิว โดยทำหน้าที่เป็นสารเชื่อมขวาง (cross-linking agent) เพื่อปรับปรุงคุณสมบัติทางกลและความทนทานของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ความสามารถในการสร้างพันธะที่แข็งแรงกับพื้นผิวต่างๆ ทำให้เป็นส่วนประกอบที่หลากหลายในการประยุกต์ใช้ทางอุตสาหกรรม

ในด้านอิเล็กทรอนิกส์ 1,6-เฮกเซนไทออลถูกนำมาใช้ในการผลิตอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ โดยช่วยในการปรับแต่งพื้นผิวอิเล็กโทรด ซึ่งสามารถเพิ่มประสิทธิภาพของไดโอดเปล่งแสงอินทรีย์ (OLEDs) และเซลล์แสงอาทิตย์อินทรีย์ (OPVs) ด้วยการปรับปรุงการขนส่งประจุและความเสถียร

โดยรวมแล้ว 1,6-เฮกเซนไดไทออลเป็นสารประกอบที่มีคุณภาพหลายอย่างพร้อมกัน มีการประยุกต์ใช้ที่สำคัญในนาโนเทคโนโลยี การสังเคราะห์อินทรีย์ วิทยาศาสตร์วัสดุ และอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาอุตสาหกรรมไฮเทคต่างๆ