2-Bromobenzyl mercaptan ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของสารนี้ซึ่งมีทั้งอะตอมโบรมีนและกลุ่มเมอร์แคปแทน (thiol) ทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนายา สารเคมีเกษตร และสารเคมีพิเศษ สารประกอบนี้มักถูกใช้ในปฏิกิริยาคัปปลิ้ง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck ซึ่งอะตอมโบรมีนช่วยอำนวยความสะดวกในการครอส-คัปปลิ้งกับระบบอะโรมาติกอื่นๆ นอกจากนี้ กลุ่มเมอร์แคปแทนยังสามารถเข้าร่วมในเคมีคลิก thiol-ene ซึ่งช่วยให้เกิดการสร้างสารประกอบที่มีธาตุกำมะถันด้วยประสิทธิภาพสูง ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ สารนี้ถูกใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวหรือโพลิเมอร์โดยการนำฟังก์ชัน thiol เข้ามา ซึ่งสามารถเพิ่มการยึดเกาะหรือมอบคุณสมบัติเฉพาะ เช่น ความต้านทานการกัดกร่อน บทบาทของมันในการสังเคราะห์ฮีเทอโรไซเคิลที่มีธาตุกำมะถันยังทำให้มีความสำคัญต่อการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ