4-Methoxythiophenol ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์อินทรีย์ มีบทบาทสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร กลุ่มเมทอกซีและไทออลทำให้เป็นสารกลางที่หลากหลายในการสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาเป้าหมายโรคต่างๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีพิเศษ รวมถึงสีย้อมและเม็ดสี ซึ่งโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยให้ได้คุณสมบัติสีและความเสถียรที่ต้องการ ในวิทยาศาสตร์วัสดุ ใช้เป็นสารปรับปรุงในการผลิตโพลิเมอร์ เพิ่มคุณสมบัติของเรซินและสารเคลือบ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงอุตสาหกรรมน้ำหอม ซึ่งช่วยในการสร้างสารประกอบกลิ่นหอมเฉพาะ