เบนซิลเมอร์แคปแทนใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตกลิ่นรสและน้ำหอม โดยกลิ่นกำมะถันที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยในการผสมกลิ่นบางชนิด ในอุตสาหกรรมโพลิเมอร์ ใช้เป็นสารโอนส่งโซ่ในการเกิดโพลิเมอร์เพื่อควบคุมน้ำหนักโมเลกุล นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาสำหรับศึกษาการเกิดปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับหมู่ไทออล กลิ่นที่แรงทำให้มีประโยชน์ในการผสมสารแต่งกลิ่นสำหรับตรวจจับการรั่วไหลในระบบก๊าซธรรมชาติ