ซีสเตอามีนถูกใช้ในการรักษาโรคซิสตินโอซิส ซึ่งเป็นโรคทางพันธุกรรมที่หายากซึ่งทำให้เกิดการสะสมของซิสตินในเซลล์ ส่งผลให้เกิดความเสียหายต่ออวัยวะ เช่น ไตและตา โดยช่วยลดระดับซิสตินในเซลล์เพื่อชะลอความก้าวหน้าของโรค นอกจากนี้ ยังใช้ในยาสัตว์เพื่อจัดการกับภาวะบางอย่างในสัตว์ ในด้านเครื่องสำอาง ซีสเตอามีนถูกนำมาใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลผิวเพื่อช่วยลดรอยดำ จุดด่างดำ และเมลาสมา โดยการยับยั้งการผลิตเมลานินในผิวหนัง ซีสเตอามีนยังมีบทบาทในการวิจัยทางการแพทย์เพื่อศึกษากลไกการป้องกันเซลล์จากความเครียดออกซิเดชันและการเสื่อมสภาพของเซลล์อีกด้วย