ซีสเตอามีนถูกใช้ในการรักษาโรคซิสตินозิส ซึ่งเป็นโรคทางพันธุกรรมที่ทำให้เกิดการสะสมของซิสตินในเซลล์ โดยช่วยลดระดับซิสตินในเซลล์และป้องกันความเสียหายที่อาจเกิดขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลผิวเพื่อช่วยลดรอยดำและจุดด่างดำ โดยการยับยั้งการผลิตเมลานินในผิวหนัง ซีสเตอามีนยังมีบทบาทในการวิจัยทางการแพทย์เพื่อศึกษากลไกการป้องกันเซลล์จากความเครียดออกซิเดชันและการเสื่อมสภาพของเซลล์อีกด้วย