ไตรเมทิลซิลิลเมทาไธออล (Trimethylsilylmethanethiol) ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารป้องกันกลุ่มไธออล (thiol groups) มีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนซึ่งฟังก์ชันไธออลต้องได้รับการป้องกันจากสภาวะที่ทำปฏิกิริยา สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการปรับแต่งพื้นผิว โดยเฉพาะในการสร้างชั้นโมเลกุลประกอบตัวเอง (self-assembled monolayers: SAMs) บนทองคำและโลหะอื่นๆ ซึ่งมีความสำคัญในเทคโนโลยีสารนาโนและวิทยาศาสตร์วัสดุ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการสังเคราะห์สารออร์กาโนซิลิคอน ซึ่งมีบทบาทสำคัญในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมต่างๆ รวมถึงการผลิตซิลิโคนและโพลิเมอร์อื่นๆ ความสามารถในการนำกลุ่มไตรเมทิลซิลิล (trimethylsilyl group) เข้าสู่โมเลกุลทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร ซึ่งต้องการการควบคุมโครงสร้างโมเลกุลอย่างแม่นยำ