S-Acetylthioacetic Acid ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีกลุ่ม thiol ต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการเตรียมเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาที่ต้องการกลุ่ม thiol สำหรับกิจกรรมของยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งอนุพันธ์ thiol จำเป็นสำหรับเพิ่มประสิทธิภาพของยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชบางชนิด ในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ S-Acetylthioacetic Acid ใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวและสร้างวัสดุที่ได้รับการฟังก์ชันนุภาพด้วยคุณสมบัติเฉพาะ เช่น การยึดเกาะที่ดีขึ้นหรือความต้านทานการกัดกร่อน ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องสำหรับ thiol ยังทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์และการประยุกต์ใช้ทางชีวเคมีอื่นๆ