ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งฟังก์ชันเพิ่มเติมในเคมีเฮเทโรไซคลิก ทำให้มีคุณค่าในการสร้างอนุพันธ์เบสไทโอฟีนที่มีศักยภาพต้านเชื้อรา ต้านแบคทีเรีย หรือต้านมะเร็ง ใช้กันทั่วไปในปฏิกิริยาครอสคัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยในเคมีทางการแพทย์ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมเซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากคุณสมบัติรับอิเล็กตรอนของกลุ่มไซยาไนด์ที่รวมกับวงแหวนไทโอฟีนหอม