ใช้เป็นตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันสนับสนุนการก่อตัวของระบบฮีเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนซึ่งสำคัญในการค้นพบยา ใช้กันทั่วไปในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง เช่น Suzuki หรือ Negishi couplings เพื่อสร้างโมเลกุลขนาดใหญ่ที่มีการทำงานที่ปรับแต่งสำหรับงานวิจัยเคมียารักษา นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารกึ่งตัวนำอินทรีย์และวัสดุสำหรับการประยุกต์ทางอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากแกน thienopyridine มีลักษณะอิเล็กตรอนอุดมสมบูรณ์