ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ที่มีฟลูออรีน ซึ่งหมู่ไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการย่อยสับรับได้ทางชีวภาพ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างอนุพันธ์สำหรับการค้นพบยา โดยเฉพาะในยากลุ่มระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านการอักเสบ ยังใช้ในงานวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงและวัชยาใหม่ เนื่องจากคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอนของหมู่ไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความทนทานและกิจกรรมของสารประกอบ นิยมใช้ในการสังเคราะห์ออร์แกนิกสำหรับสร้างระบบเฮเทอโรไซคลิกผ่านปฏิกิริยาการควบแน่นหรือการสร้างวงแหวนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่คีโตน