ไซลีน ไซยาโนล เอฟเอฟ ใช้เป็นสารติดตามในการวิเคราะห์ทางชีวเคมีและโมเลกุลชีววิทยา โดยเฉพาะในการวิเคราะห์เจลอิเล็กโตรโฟรีซิสเพื่อแยก DNA, RNA หรือโปรตีน มันทำหน้าที่เป็นตัวติดตามการเคลื่อนที่ของสารตัวอย่างในเจล ช่วยให้ผู้วิจัยสามารถติดตามความคืบหน้าของกระบวนการแยกสารได้อย่างชัดเจน นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวบ่งชี้สีในบางปฏิกิริยาเคมีเพื่อตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงของ pH หรือขั้นตอนของปฏิกิริยา ไซลีน ไซยาโนล เอฟเอฟ จึงเป็นสารสำคัญในห้องปฏิบัติการวิจัยทางวิทยาศาสตร์