ไซลีน ไซยาโนล เอฟเอฟ ใช้เป็นสารย้อมติดตามในอิเล็กโตรโฟรีซิสบนเจล โดยเฉพาะเจลอะการ์โซและโพลีอะคริลาไมด์ ช่วยติดตามความคืบหน้าของการเคลื่อนที่ของ DNA, RNA หรือโปรตีนระหว่างอิเล็กโตรโฟรีซิส เนื่องจากมีสีน้ำเงินที่ชัดเจน สารย้อมนี้เคลื่อนที่ด้วยอัตราใกล้เคียงกับชิ้นส่วน DNA ขนาดกลาง ทำให้เป็นตัวบ่งชี้ที่มีประโยชน์ในการประมาณขนาดของกรดนิวคลีอิก นอกจากนี้ ยังใช้ร่วมกับสารย้อมอื่นๆ เช่น โบรโมฟีนอลบลู เพื่อให้จุดอ้างอิงที่กว้างขึ้นสำหรับการติดตาม นอกเหนือจากอิเล็กโตรโฟรีซิส ไซลีน ไซยาโนล เอฟเอฟ ยังทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้ pH โดยเปลี่ยนสีตอบสนองต่อสภาวะกรดหรือด่าง ความหลากหลายและความเสถียรทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในชีววิทยาโมเลกุลและการวิจัยทางชีวเคมี