ไซลีนไซยาโนล ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมติดตาม (tracking dye) ในชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการไฟฟ้าโฟรีซิสบนเจลอะการ์โซและโพลีอะคริลาไมด์ มันช่วยตรวจสอบความคืบหน้าของการเคลื่อนที่ของ DNA, RNA หรือโปรตีนระหว่างการไฟฟ้าโฟรีซิส เนื่องจากมีสีน้ำเงินที่โดดเด่น สีย้อมนี้เคลื่อนที่ด้วยอัตราที่คล้ายกับชิ้นส่วน DNA ขนาดกลาง ทำให้เป็นตัวบ่งชี้ที่มีประโยชน์สำหรับการประมาณน้ำหนักโมเลกุล นอกจากนี้ ยังบางครั้งใช้ร่วมกับสีย้อมอื่นๆ เช่น โบรโมฟีนอลบลู เพื่อให้จุดอ้างอิงทางสายตาที่กว้างขึ้น การประยุกต์ใช้ของมันขยายไปถึงการย้อมกรดนิวคลีอิกและเป็นส่วนประกอบในบัฟเฟอร์โหลดเพื่อให้แน่ใจว่าการกระจายตัวอย่างในหลุมเจลสม่ำเสมอ