ใช้หลักๆ เป็นสารเคมีในปฏิกิริยาสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมอนุพันธ์ซัลโฟนสำหรับยาและสารเคมีเกษตร หมู่ซัลโฟนไตรฟลูออโรเอทิลที่มีคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอนช่วยอำนวยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในปฏิกิริยาครอสคัปพลิง ใช้เป็นบล็อกก่อสร้างในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพ โดยอาศัยความเสถียรและขั้วที่เกิดจากหมู่ไตรฟลูออโรเมทิลและซัลโฟนิล นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับออกแบบโพลิเมอร์ฟังก์ชันนัลที่มีความเสถียรทางความร้อนและออกซิเดชันที่ดีขึ้น