3-Fluoro-4-nitrobenzotrifluoride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันช่วยในการนำอะตอมฟลูออรีนเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อน เพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียร ใช้บ่อยในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา โดยกลุ่มไนโตรและไตรฟลูออโรมิทิลมีบทบาทสำคัญในการเล็งเป้าหมายเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะในศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการเตรียมสารประกอบอะโรมาติกฟลูออรีน ซึ่งมีคุณค่าในวิทยาศาสตร์วัสดุและสารเคมีพิเศษ