2-Fluoro-5-methoxybenzotrifluoride เป็นสารเคมีที่ใช้หลักly เป็นสารกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งกลุ่มฟลูออรีนและเมทอกซี ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาสารออกฤทธิ์ที่มีคุณสมบัติปรับปรุง เช่น การเพิ่ม bioavailability และความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ในอุตสาหกรรมยา มักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบสำหรับการประยุกต์ใช้ทางรักษา รวมถึงการรักษาโรคระบบประสาทส่วนกลางและมะเร็ง ในสารเคมีเกษตร ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูงกว่า นอกจากนี้ กลุ่ม trifluoromethyl ยังช่วยเพิ่ม lipophilicity ของผลิตภัณฑ์สุดท้าย สนับสนุนการดูดซึมและการกระจายตัว