ใช้เป็นตัวทำปฏิกิริยาสำคัญในสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่อะซิลคลอไรด์มีความสามารถในการทำปฏิกิริยากับสารประกอบที่มีหมู่อะมีนหรือแอลกอฮอล์ได้ง่าย ทำให้สามารถสร้างแอมไทด์หรือเอสเทอร์ที่เป็นสารตั้งต้นของยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพได้ โครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและสามารถปรับปรุงการดูดซึมของสารในระบบชีวภาพ จึงนิยมใช้ในงานพัฒนาสารใหม่ที่ต้องการคุณสมบัติเฉพาะด้าน เช่น ยาต้านการอักเสบ หรือสารกำจัดเชื้อราในพืช