ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา ซึ่งหมู่ Fmoc ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันอะมิโนกรุ๊ป ช่วยควบคุมการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ โครงสร้างที่มีหมู่เมท็อกซีฟีนิลช่วยเพิ่มความเข้ากันได้กับตัวทำละลายอินทรีย์ และสามารถใช้ในการออกแบบเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น ความเสถียรต่อเอนไซม์หรือการจับกับเป้าหมายเฉพาะในเซลล์ นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรม